Bacalar tiene sus orígenes en la época precolombina. Entre los años 415 a 435 d.C., los Itzáes provenientes del sur, fundaron Siyan Ka'an Bakhalal hoy Bacalar, en el lugar permanecieron cerca de 60 años, pues en el año de 495 los Itzaés emigraron.
Bakhalal era el punto más importante del cacicazgo de Uaymil (una de las 16 provincias en que estaba dividida la península de Yucatán, antes de la llegada de los españoles) que estaba dominado por el cacicazgo de Chactemal, ya que era el punto de intercambio de mercancías diversas traídas de Centroamérica, particularmente de la región de Ulúa, en Honduras.
A pesar de ser un importante sitio comercial, la inestabilidad política y administrativa de los cacicazgos hicieron fácil la conquista española. En 1531 Francisco de Montejo (El adelantado) asignó la conquista de la zona a Alonso Dávila, quién llegó a Tulum y Bakhalal fundando una población a la que llamó Villa Real, pero tuvo que abandonarla por los ataques sorpresivos de los mayas.
2 años después, Francisco de Montejo, en compañía de León el Mozo, asignaron nuevamente la labor de someter Bakhalal, delegando esa responsabilidad en Gaspar y su hijo Melchor Pacheco.
Padre e hijo, sometieron a cientos de indígenas, y un año más tarde, fue Melchor quién fundó la población actual dándole el nombre de Salamanca de Bacalar. Sin embargo, poblar el lugar era complicado pues estaba muy alejado y las comunicaciones con Mérida Yucatán, en ese entonces la capital provincial, eran deficientes.
En el período colonial (alrededor del año 1630), Bacalar, era el asentamiento más importante de toda la costa del oriente de la península de Yucatán, que con sólo varias decenas de pobladores, era el nexo intermedio en la ruta hacia las provincias lejanas de Honduras y Guatemala.
En el siglo XVII, Bacalar es nuevamente atacada pero ahora por piratas que llegaban a través de canales para desembarcar a la laguna.
La Piratería surge debido a los conflictos entre Inglaterra, Francia y Holanda contra España por la posesión de las colonias en América, esta ambición marcó la vida de Bacalar, pues su desarrollo se vio frecuentemente limitado por estas incursiones desastrosas para la vida y economía del pueblo.
Durante 1640, fue Peter Wallace, un pirata escocés, quien logró asentarse en el sur de Quintana Roo, dedicándose a la explotación del palo de tinte, y originando de esta manera, el primer asentamiento inglés, al sur del famoso Río Hondo, y que fuera el inicio de lo que hoy conocemos como Belice. 12 años después, Bacalar fue arrasada por Diego el Mulato (de origen cubano), que logró propiciar el abandono casi por completo de toda la costa del oriente. Los posteriores ataques de los piratas franceses, ingleses y holandeses continuaron castigando durante casi gran parte del siglo XVIII, puesto que eran ellos quienes se disputaban el control del tráfico del palo de tinte, mientras que por otro lado, los mayas rebeldes continuaban siendo atacados. Estos ataques ocasionaron que se decidiera fortificar la ciudad, erigiéndose a orillas de la Laguna de Bacalar, el fuerte de San Felipe, convirtiendo, este paraíso terrenal, en un lugar seguro.
Gracias a la construcción de este fuerte, Bacalar prosperó rápidamente, ya que había logrado convertirse en un gran exportador de palo de tinte, caoba, ganados porcino y caprino, además de algunas frutas.
Por 1848 la población de Bacalar seguía creciendo en todos los ámbitos, su población entonces era de unas 5,000 personas, sin embargo ese año estalló en la península de Yucatán la llamada Guerra de Castas; los mayas se rebelaron contra el gobierno mexicano y uno de sus primeros objetivos fue Bacalar. La población fue atacada y arrasada, los habitantes que pudieron sobrevivir huyeron a la colonia inglesa de Honduras Británica.
Bacalar quedó despoblado hasta que la reconquistó una columna militar mexicana al mando del Contralmirante Ángel Ortiz Monasterio en 1902.
Comisionado por el gobierno mexicano, Othón Blanco, tuvo que asegurar (de forma pacífica) las fronteras, de esta manera logró acercarse a los mayas e imponer diplomáticamente la soberanía de la república.
Desde su repoblamiento, Bacalar ha ido creciendo tanto en población como económicamente, es incluso centro de desarrollo para muchas otras comunidades situadas en sus alrededores y cercanías.
La actual Bacalar fue elevada al rango de ciudad el 26 de junio de 2007 por la aprobación plena del Cabildo de Othón P. Blanco, y desde ese momento se consideró este acto como el preámbulo hacia una autonomía plena como San Felipe Bacalar.
Bacalar fue nombrado como “Pueblo Mágico” oficialmente el 27 de febrero de 2007, consiguiendo con esto apoyos por parte de la Secretaría de Turismo Federal para la promoción internacional de la ciudad como un enclave centrado en el turismo ecológico y de conservaciones de las tradiciones locales.