Aproximadamente hace 3000 años, el volcán Cuicocha erupcionó cubriendo de lodo y lava volcánica las zonas de lo que hoy son las poblaciones de Cotacachi, Quiroga, Otavalo, Imantag y Atuntaqui.
El lago Cuicocha yace en la caldera meridional del Cotacachi y es producto de una de sus erupciones. Su cráter, limitado por unas paredes verticales interiores, tiene una impresionante caldera de 3km de diámetro, con una laguna sin desaguadero, de unos 200 metros de profundidad, en algunos lugares.
Las cúpulas de lava forman un par de islas dentro de la laguna, ricas en vegetación y que son el hábitat de algunos animales, sobretodo de aves andinas. Durante el solsticio de verano, los chamanes se acercan a la laguna para baños rituales de purificación.
Sus aguas, procedentes de deshielo del volcán, promedian los 13 a 14 grados de temperatura y tienen un fuerte componente de azufre, que imposibilita la vida de peces.
Sus costas, al igual que el perímetro de la laguna, están repletas de totora, una especie de junco que desde tiempos remotos, es utilizado para la elaboración de artesanías, utensilios de cocina y embarcaciones. Las costas del lago tienen una pendiente muy fuerte, por lo que no hay playas.
Cerca de la entrada, al centro de visitantes; hay una hostería y restaurant, que posee un pequeño muelle. Desde allí se puede tomar un paseo en lancha de 25 minutos de duración, en los que se puede recorrer parte de la laguna, pasando por en medio de los islotes, entre gran cantidad de totoras.
Anteriormente era posible descender en los islotes, caminar y hasta funcionaba un restaurante allí, pero luego de dos incendios, se prohibió el acceso.
La Laguna Cuicocha forma parte de la Reserva Ecológica Cotacachi-Cayapas, que desde 1968 abarca las provincias de Esmeraldas e Imbabura y tiene una extensión de 204,420 hectáreas.